La cappella Paolina in una rara immagine dell'Osservatore Romano in occasione della riapertura dopo il restauro nel 2009. È la cappella privata del Papa, poco distante dalle sue stanze. Per questa ragione non è aperta al pubblico, diversamente dalla vicina e famosissima Cappella Sistina. Proprio questa segretezza ha innescato alcune ipotesi complottiste. Secondo un'inverosimile teoria, fondata sulle dichiarazioni - prive di riscontri - rilasciate prima di morire dal vaticanista Malachi Martin, all'inizio degli anni Sessanta nella cappella fu celebrato un rito satanico.

Il torrione di Niccolò V, addossato al palazzo adibito a residenza del pontefice, è la sede dell'Istituto per le Opere di Religione, meglio noto come Ior. Durante la guida di monsignor Paul Marcinkus, rimase implicato negli scandali finanziari Sindona-Calvi. Dopo l'allontanamento di Ettore Gotti Tedeschi, a lungo non è stato nominato il successore. Insieme a Vatileaks è la questione che ha maggiormente turbato Papa Benedetto XVI prima delle sue dimissioni.

L'Archivio Segreto Vaticano deve molto della sua fama a quel secretum (si chiama infatti Archivium Secretum Vaticanum) che in realtà in latino medievale significa "personale". Nasce infatti come archivio personale del papa. Oggi contiene oltre mille anni di documenti in ottanta chilometri di scaffali.

Per lungo tempo è rimasto accessibile soltanto ai Papi ed a pochi altri privilegiati. È il Sancta Sanctorum nel Palazzo Laterano, a San Giovanni a Roma. Solo il Papa può celebrarvi messa. L'iscrizione in latino (non est in toto sanctior orbe locus) significa "non esiste al mondo luogo più santo di questo". Oggi si intravede attraverso una grata sulla sommità della Scala Santa. Riprende lo spirito del Santo dei Santi del Tempio di Gerusalemme, distrutto nel 70 d.C., dove poteva accedervi solo il sommo sacerdote.

Villa Tevere a Roma è la sede dell'Opus Dei. L'organizzazione cattolica è stata fondata in Spagna nel 1928. È dedita alla devozione e aiuta i membri a ricercare la santità. La forte autodisciplina e alcuni aspetti di riservatezza ne hanno fatto la protagonista di molte trame e ipotesi di complotto.

Il passetto di borgo è lungo circa 800 metri ed era un camminamento protetto e segreto che il Papa poteva usare per rifugiarsi a Castel Sant'Angelo.  Fu papa Niccolò III nel 1277 a immaginare questa utilizzazione delle mura costruite da Leone IV. Nel maggio 1527 durante il sacco di Roma, Papa Clemente VI lo usò, sfuggendo di un soffio ai lanzichenecchi che lo inseguivano.

Questo passaggio 'romanzesco' ha dato vita a miti e leggende popolari. Lo scrittore americano Dan Brown, vi ha ambientato una scena del suo Angeli e demoni.
Gioacchino Belli gli ha dedicato un sonetto.

L'Ordine di Malta è uno degli ordini religiosi più antichi e per questo coinvolto in diversi casi storici divenuti famosi. Il Palazzo Magistrale, la sede mondiale dell'ordine, è in via dei Condotti a Roma